I slutningen af 1960'erne overvejedes det at opføre et samlet byggeri til de humanistiske fag. Blandt flere planer var fakultetet mest begejstret for én, der foreslog at lægge byggeriet ved Lisbjerg nord for Aarhus. Lisbjergplanen nød ikke ministeriel opbakning, og Det Humanistiske Fakultet måtte klare sig på anden vis. Ikke blot ved omfattende nybyggeri i Universitetsparkens nord-østre hjørne, men også gennem erhvervelsen af et fabrikskompleks på Trøjborg omkring 1974.

Billedet herover viser Trøjborgkompleksets hovedindgang og facaden langs Niels Juelsgade.

Trøjborgkomplekset består af fabriksbygninger fra forskellige tider og omfatter omkring 12.900 kvadratmeter. Indgangspartiet findes i en bygning fra 1950'erne. Andre dele af komplekset går tilbage til år 1900, hvor Trøjborg Bryggeri opførte sine bygninger langs Willemoesgade, og hvor "tårnet" stadig eksisterer, men hvor andre af bygningerne er blevet tilføjet såvel nabobygninger som supplerende etager, mens andre igen er forsvundet.

Direktørboligen fra 1912 - billedet herunder - blev opført, da der var margarinefabrik på stedet.

Gennem de første mange år efter Aarhus Universitets overtagelse af bygningerne var det udelukkende humanistiske fag og visse administrative afdelinger, der havde tag over hovedet i Trøjborgkomplekset, men efter opførelsen af Nobelparken og i forlængelse af fusionerne 2006-2007 - hvor bl.a. Danmarks Jordbrugsforskning og Danmarks Pædagogiske Universitet fusionerede med Aarhus Universitet - blev en del af lokalerne overtaget af jordbrugsvidenskabelige og pædagogiske discipliner.

Gennem en årrække havde ISC (International Student Centre) lokaler i Trøjborgkomplekset.

I midten af 70'erne var bygningerne flere gange besat af studerende - ikke mindst i forbindelse med RUC-aktionerne omkring 1976-1977 - og det var i Trøjborgkompleksets kantine, at en studerende med oversavet haglgevær i 1994 skød og dræbte to studerende og sårede to andre, før han skød sig selv på et toilet i bygningen.