(Foto 1944 v/Kirsten Albeck).
Adam Afzelius blev i 1939 ansat som docent i historie ved Aarhus Universitet. Fra april 1946 kunne han kalde sig professor i samme fag, og fra 1950 varetog han professoratet i oldtidens historie. I 1956 blev han som den første udnævnt til direktør for Det Danske Institut i Rom, i hvilken by han også er stedt til hvile.
Adam Afzelius var en af de universitetslærere, om hvem der fortælles flest anekdoter. Et halvt århundrede efter hans død huskes han stadig af sine gamle studenter. En af historierne går ud på, at Afzelius, der efter sigende var slem til at komme for sent til undervisningen, havde følgende faste bemærkning: "Undskyld jeg kommer for sent. Til gengæld skal jeg gå lidt før!" Han ses her i færd med at hejse flaget på Askov Højskole i 1944.