Efter den lægevidenskabelige embedseksamen uddannedes Erik Amdrup gennem ansættelser først i provinsen og siden i København. I 1965 blev han assisterende overlæge ved Københavns Kommunehospital.
Det var i København Erik Amdrup indledte sin egentlige videnskabelige karriere. Selv om han publicerede inden for flere områder af den kirurgiske gastroenterologi var det mavesårsforskningen der satte de mest markante aftryk. Erik Amdrup disputerede i 1960 ved Københavns Universitet med afhandlingen "Dumping syndromet og andre måltidsbestemte gener optrædende hos ventrikelresecerede patienter." International berømmelse opnåedes første gang på basis af arbejder om præcis antrektomi ved mavesårssygdommen, hvori Erik Amdrup beskrev betydningen af at fjerne alt antrumvæv samt en enkel metode til under operationen at sikre at operationen gennemførtes korrekt.
Sammen med hustruen Bente gennemførte han senere eksperimentelle arbejder om parietalcellevagotomi, og han var den første til at introducere denne mere skånsomme operationsmetode i behandlingen af patienter med mavesår.
Selv om Erik Amdrup selv havde opfundet parietalcellevagotomien var han en af metodens største kritikere. Sammen med to andre afdelinger i Århus Amt gennemførtes "the Aarhus County Vagotomy trial". En blindet, randomiseret undersøgelsesserie hvori metoden prøvedes i forskellige grupper af mavesårspatienter. Arbejderne fra denne periode er nogle af de mest citerede i litteraturen og førte til talrige anerkendelser. Foruden Dansk kirurgisk Selskabs fortjenstmedalje og æresmedlemsskab af Dansk Gastroenterologisk Selskab var Erik Amdrup en af de - om ikke den - mest anerkendte danske kirurg uden for landets grænser med talrige internationale æresmedlemsskaber.
Erik Amdrup vejledte flere yngre forskere i deres disputatsprojekter inden for mavesårsforskningen og andre gastroenterologiske emner. Som vejleder var han klartsynet og stringent, havde stor respekt for sine elever, og ledte med overblik processen ad rette vej. Manuskriptudkast blev altid returneret i rettet stand den efterfølgende dag.
Erik Amdrup var en skattet underviser på grund af sin uformelle og uprætentiøse optræden. Hans brændende engagement i faget smittede af på studenterne, og undervisningen var tilrettelagt med omhu. I forelæsningerne involveredes videnskabelige problemstillinger, for man bliver kun en god læge gennem en dyb og kritisk holdning.
Under sin tid som professor ved Aarhus Universitet var Erik Amdrup med til at danne Institut for Eksperimentel Klinisk Forskning. I en periode var han institutbestyrer, og han lagde aldrig skjul på at man ved Aarhus Universitet havde de bedste betingelser i landet for klinisk forskning.
Erik Amdrup var en ildsjæl i alt hvad han foretog sig. Han besad en høj grad af tolerance, blot ikke for slendrian og manglende engagement. I hans sidste år i Århus gik det ham på at strukturændringer forringede forholdene for patienterne, hvilket han påtalte først over for Amtet, senere offentligt.
Han forlod Århus i 1988, og blev fejret med et storslået afskedssymposium med deltagelse fra store dele af Verden.
Efter sin afrejse blev han leder af den videnskabelige afdeling i Kræftens Bekæmpelse. Et job hvori han med sin objektivitet, flid og indsigt var til stor gavn for dansk kræftforskning.
Sideløbende med de sidste år i Århus var Erik Amdrup påbegyndt en forfatterkarriere. Det blev til mere end tyve romaner, og flere priser. "Renters Rente" blev filmatiseret med Frits Helmuth i hovedrollen, og forevist i flere lande. To bøger er udkommet efter hans død. Foruden en kriminalroman er det erindringsromanen "Som jeg så det." Det er en skam at Erik Amdrup ikke nåede at opleve den bevågenhed bogen fik.
I Erik Amdrups sidste år var han atter vendt tilbage til Aarhus Universitet; men nu som studerende. Fra adressen på Trelde Næs gjorde han i perioder turen frem og tilbage til Universitetet for at studere medievidenskab. Da han de sidste dage blev stadigt svagere nåede han netop at få meddelelse om at eksamen var klaret succesfuldt.
Erik Amdrup opnåede således - helt til det sidste - at forene sine enorme menneskelige egenskaber med en altid seriøs indsats inden for et imponerende spektrum af virkefelter.
Peter Funch Jensen