Harald Thamdrup blev født på Frederiksberg. Han blev student i 1926 og erhvervede i 1930 Københavns Universitets guldmedalje for en afhandling i zoologi. Han blev mag.scient. i 1933 og var allerede under studiet blevet ansat som medarbejder på Skalling laboratoriet, hvor hans videnskabelige karriere begyndte. I 1935 blev han dr. phil. på afhandlingen "Beiträge zur Økologie der Wattenfauna auf experimenteller Grundlage". Som ung forsker knyttedes han i 1936 til Naturhistorisk Museum i Aarhus som dets første lønnede medarbejder. Han blev også museets første direktør, da dets samlinger i 1941 kunne flytte ind i Universitetsparken i de nye bygninger, der ligesom det øvrige universitet var tegnet af arkitekt C.F. Møller.
I de følgende år udbyggede Thamdrup med stor energi både museets samlinger og bibliotek i Universitetsparken. Da museet i 1941 fik overdraget ejendommen Nedre Strandkær med dens jordtilliggende ved Femmøller på Mols som et studieområde, blev bygningerne de følgende år omdannet til en økologisk feltstation, som ikke mindst takket være bevillinger fra Carlsbergfondet kom til at placere Molslaboratoriet og museet som et dansk center for studiet af landjordens økologi på linje med de tilsvarende marinbiologiske og ferskvandsbiologiske laboratorier under Københavns Universitet. En livlig publikationsvirksomhed omfattende tre disputatser blev i løbet af 1950'erne frugten af denne udvikling. Som et resultat af denne udbygning fremstod Naturhistorisk Museum i denne periode som et naturhistorisk landsdelsmuseum med samlinger, studiefaciliteter og forskningsprogrammer af en standard, som viste, at der var et grundlag for et konkret samarbejde mellem museet og Aarhus Universitet.
Allerede i begyndelsen af 1950'erne havde Thamdrup foreslået universitetet, at det kunne udnytte Naturhistorisk Museums faciliteteter til at indlede en undervisning i zoologi til den afsluttende del af embedseksamen med andre ord at indlede studierne ved at begynde "fra oven". Universitetet tog dog først spørgsmålet op i forbindelse med etableringen af det naturvidenskabelige fakultet i 1954. Ved den lejlighed etableredes et udvalg for den såkaldte bio-geofaggruppe, som skulle forberede de kommende lærestole i zoologi, botanik og geologi. I 1959 blev H.M.Thamdrup udnævnt til professor i zoologi, og samtidigt blev der truffet aftaler om de fysiske rammer for de tre nye lærestole, som i første omgang fik til huse i lokaler på Naturhistorisk Museum. Ved samme lejlighed fik de tre nye institutter vederlagsfrit overdraget det materiale, som museet de foregående år havde tilvejebragt med henblik på studiesamlinger og håndbiblioteker for disse fagområder.
I 1962 indledtes undervisningen i zoologi ved universitetet, og de følgende år var Thamdrup den drivende kraft bag det behov for en udbygning af universitetets feltstationer, som var betinget af de nye naturvidenskabelige studier. I første række blev Molslaboratoriet udbygget kraftigt i årene efter 1966, dels for at kunne rumme de mange kursusstuderende fra begge danske universiteter og dels samtidigt de mange specialestuderende og gæsteforskere, der arbejdede i området. Derudover blev der i disse år skabt andre faciliteteter for de mange specialestuderende, dels ved leje af lokaler under Kalø gods og dels ved opstilling af en skurvogn ved Vejlerne i Hanherred. Ved oprettelsen af Aarhus Universitets marinbiologiske feltstation i Rønbjerg ved Limfjorden i 1972 fik Molslaboratoriet omsider en tiltrængt aflastning til disse funktioner.
Zoologisk Institut bevarede under hele Thamdrups embedsperiode de meget tætte fysiske relationer til Naturhistorisk Museum, som han også selv ledede på deltidsbasis i samme periode. Først i 1973 begyndte instituttet udflytningen fra museet, efter at der var tilvejebragt plads til dets laboratoriefaciliteter i den nye bygning til Genetisk Institut.
I kraft af sine evner som organisator og iværksætter påtog H.M. Thamdrup sig en lang række andre opgaver i danske og internationale organisationer. I 1949 blev han således udnævnt til leder af Vildtbiologisk Station på Kalø, et arbejde som han varetog til 1978.
Som 67-årig fratrådte H.M Thamdrup i 1975 professoratet i zoologi, men fortsatte i endnu tre år som direktør for Naturhistorisk Museum. Sit lange otium tilbragte han i Horne nord for Varde - ikke langt fra Skallingen, hvor hans videnskabelige løbebane var blevet indledt.
Svend Kaaber