Efter ansættelse som sognepræst i Sønderup-Suldrup sogne i Aalborg stift fra 1942 skiftede Poul Nepper-Christensen i 1947 til det lille Alrø sogn i Århus stift med øgede muligheder for videnskabelige studier og med kortere afstand til Det Teologiske Fakultet under Aarhus Universitet. Det førte siden til ansættelse her som ekstern lektor i bibelsk eksegese (1955-65). Efter nogle år som sognepræst ved Gylling kirke og desuden provst for Hads og Ning Herred (fra 1964) vendte han tilbage til universitetet, nu med fast ansættelse i årene 1968-86, først som amanuensis, siden som docent og afd.-leder. I årene 1975-80 bestred han desuden med stor energi hvervet som dekan for Det teologiske fakultet.
Det videnskabelige engagement var der gennem hele hans liv. Efter besvarelse af prisopgave fra Københavns Universitet (1945) fulgte lykkelige studieophold i Uppsala i Sverige, hvor nordmanden, professor Anton Fridrichsen samlede en række yngre nordiske forskere omkring sig. Det konkrete resultat blev en licentiatafhandling over Matth. 16,17-19, publiceret på tysk: Wer hat die Kirche gestiftet? (Symbolae Biblicae Upsalienses 12), Lund 1950. Matthæusevangeliet skulle herefter blive det nytestamentlige skrift, han igen og igen vendte tilbage til i bøger og artikler.
Det videnskabelige hovedarbejde forblev disputatsen fra 1958: Das Matthäusevangelium ein judenchristliches Evangelium? Det udkom som første bind i den nye videnskabelige serie over teologiske arbejder i Danmark: Acta theologica Danica, på Universitetsforlaget i Aarhus. Disputatsens hovedtema var det både komplekse og centrale spørgsmål: for hvem er Matthæusevangeliet oprindelig blevet affattet? Mere konkret: har skriftets adressater haft en jødisk eller en ikke-jødisk baggrund som bestemmende for dets udformning og indhold? Spørgsmålet er naturligvis af afgørende betydning også for den nutidige tolkning af det. Skriftet indeholder imidlertid stærke elementer, der kan tydes i begge retninger. I en metodisk koncentration omkring Matthæusevangeliets særstof (d.v.s. det materiale, som alene evangelisten Matthæus har traderet) tog Poul Nepper-Christensen her kritisk stilling til de rådende videnskabelige argumentationer for - med rod i den oldkirkelige overlevering - at skriftet skulle sigte på jødisk-orienterede kristne i slutningen af 1. årh. e. Kr.
Som titlen angiver, ender afhandlingen i et ikke nærmere udfoldet spørgsmål. I så henseende minder det om hans første publikation fra 1950. Videnskabeligt hørte det med som en vis rastløs dimension i Poul Nepper-Christensens personlighed at være mere engageret i det stadigt spørgende end i det afsikrede og fastlagte. I den danske udgivelse: Matthæusevangeliet. En kommentar, Forlaget Anis 1988, ser man da også en genoptagelse af disputatsemnet, men nu i en større åbenhed for, at skriftet trods alle relevante indvendinger nok alligevel hørte hjemme oprindeligt i en jødisk-kristen kontekst. Et synspunkt, der blev forstærket gennem flere af hans sidste arbejder. Poul Nepper-Christensen blev dediceret flere udgivelser, herunder navnlig festskriftet: Teologi og kirke, Unitas Forlag 1986.
Til Poul Nepper-Christensens videnskabelige indsats hører en stærk interesse i den nytestamentlige forsknings internationale relationer. Den generøse gæstfrihed, som hustruen Lise og han trofast udviste over for bl.a. gæsteforelæsere, står som et meget smukt udtryk herfor. Højdepunktet var vel afviklingen af den store internationale konference med flere hundrede deltagere under "Studiorum Novi Testamenti Societas" i Århus 1960. Som professor Johannes Muncks administrativt højre hånd havde Poul Nepper-Christensen sin store andel i konferencens vellykkede forløb. Hans død indtraf under samme videnskabelige selskabs anden konference her i landet i København august 1998, hvor han blev mindet som en venlig og åbentsindet kollega.
Poul Nepper-Christensen har indskrevet sit navn i dansk kirkehistorie som hovedkraften bag initiativet til det treårige weekend-kursus "Teologi for Lægfolk", hvis formand han var fra 1968 fra 1994. I denne formidling af videnskabelig indsigt for ikke-teologer gik hans interesse for teologi og kirke op i en højere enhed. Og hans brede folkekirkelige placering med dets islæt af dialektisk teologi tilbage til studieårene i København og Uppsala var med til at sikre den teologiske og folkelige lødighed af denne udadvendte indsats.
Sigfred Pedersen